目前，有机棉的认证执行的是全球有机纺织品标准（GOTS）。这个标准可以让纺织品制造商出口有机纺织品和服装到接受此标准的世界各大市场。 从2006年9月开始，德国国际天然纺织品协会（IVN），英国土壤协会（SA），美国的有机贸易协会（OTA）和日本的有机棉协会（JOCA）也已经决定采用GOTS标准。有机认证的过程是对产品流程的彻底检查（从地头到货架）和核实对标准的最终执行程度来完成认证的。对产品流程的数量计算，对相关货运单据的审查，以及对有机材料的分隔和标识体系的审查都是检查的重点内容。

GOTS国际工作组已经正式批准IMO为首家认证机构：IMO认证将详细说明要求，确保纺织品的有机地位，从原材料的收获，一直到环境和社会责任及制造业的标签，都为最终消费者提供可信的担保。IMO作为全球有机纺织品的认证机构，还可以对染化料供应商提供的用于有机纺织品染色和处理的染化料与助剂进行审批。